SOS Racismo Gipuzkoa es una organización de base, en la que todas las personas tienen iguales derechos y obligaciones, despliegan su actividad en los campos libremente elegidos por ellas y en función de esa actividad establecen su participación organizativa.
Se define, por tanto, como una asociación sin ánimo de lucro, de acción antirracista, democrática, de base, pluriétnica, progresista y de vocación internacional

La asamblea de socias y socios se celebra anualmente, aprobando las líneas de actuación, el balance económico y eligiendo la Junta Directiva, compuesta por Presidenta, Secretario, Tesorero y seis vocales. Los grupos de trabajo que funcionan de cara a las diversas actividades que se desarrollan se coordinan provincialmente con una periodicidad mensual. La información se vehicula de manera permanente a través de medios electrónicos, y de forma periódica mediante el envío de un boletín mensual de información.
Dada su larga trayectoria (18 años) y la envergadura del trabajo desarrollado en este tiempo, SOS Racismo Gipuzkoa tiene una estructura plenamente consolidada, con una amplia red de colaboradores. Cuenta también con el reconocimiento por parte de todo tipo de agentes sociales, servicios de la Administración e Instituciones del territorio histórico de Gipuzkoa y fuera de él.
Cuenta, en su estructura organizativa, con un equipo profesional potente (6 mujeres y 2 hombres con relación laboral), dotado de estabilidad y una capacitación considerable que potencia las posibilidades de intervención.

El presupuesto económico se basa en las aportaciones de los socios y socias, donaciones privadas y, en su mayor parte, en proyectos que consiguen el respaldo de las instituciones (Gobierno Vasco, Diputación foral, Ayuntamientos, Gobierno Central y Unión Europea). Además, con la Diputación Foral de Gipuzkoa tenemos –desde 2008- un Convenio para la oficina de Información y Denuncia destinada a atender las consultas y demandas de personas inmigradas o de minorías.

Formamos parte de la Federación de Asociaciones de SOS Racismo del estado español. La Federación la constituyeron en 1995 las Asociaciones de SOS Racismo existentes en los distintos territorios. El Funcionamiento interno de la Federación se realiza a través de una secretaría y unas reuniones de coordinación con una periodicidad trimestral. En la actualidad la secretaría la ostenta SOS Racismo de Gipuzkoa.
Desde el año 1995 la Federación estatal de SOS Racismo publica el Informe Anual sobre el racismo en el Estado español, que pretende ser una herramienta para la reflexión y el análisis de las políticas, decisiones y actitudes que discriminan a las personas por su cultura, religión u origen nacional. Desde el año 2010 este Informe es elaborado desde el Centro de Documentación de SOS Gipuzkoa-MUGAK. Las fuentes de información del Informe Anual de SOS Racismo provienen de medios digitales del Observatorio de la Diversidad de MUGAK y de las propias Oficinas de Información y Denuncias de los territorios de SOS Racismo.